河海大学是一所拥有百余年办学历史，以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的教育部直属全国重点大学，是实施国家“211工程”重点建设、国家优势学科创新平台建设、“双一流”建设以及教育部批准设立研究生院的高校。学校在南京市、常州市设有西康路校区、江宁校区和常州校区。
河海大学目前拥有的专业学院有水文水资源学院、水利水电学院、港口海岸与近海工程学院、土木与交通学院、环境学院、能源与电气学院、信息学部（计算机与信息学院、物联网工程学院、人工智能学院）、力学与材料学院、地球科学与工程学院、农业科学与工程学院、机电工程学院、海洋学院、理学院、商学院（含经济与金融学院）、公共管理学院、法学院、马克思主义学院、外国语学院、体育系、河海里尔学院（中外合作办学机构）等专业院系和大禹学院（拔尖人才培养学院）、远程与继续教育学院、国际教育学院。
水文水资源学院
水文与水资源工程系、水务工程系、城市资源环境系、地理信息科学系；
水利水电学院
水利水电工程系、智慧水利系
港口海岸与近海工程学院
水道与港口工程系、海岸带资源与环境系、船舶与海洋工程系、工程CAD与图学教研室；
土木与交通学院
土木工程系、交通工程系；
环境学院
环境工程系、环境科学系、环境生态工程系、市政工程系；
能源与电气学院
电力工程系、自动化工程系、动力工程系、新能源科学与工程系；
信息学部
计算机与信息学院
计算机科学与技术系、软件工程系、信息与通信工程系；
物联网工程学院
通信工程系、自动化系、计算机技术系、电子科学系、物联网系；
人工智能学院
智能科学技术、人工智能；
力学与材料学院
工程力学系、材料科学与工程系；
地球科学与工程学院
地质科学与工程系、测绘科学与工程系；
农业科学与工程学院
农业水利工程系；
机电工程学院
机械工程系、能源与动力工程系、材料科学与工程系、工业设计系；
海洋学院
物理海洋系、海洋技术系、海洋生物系、海洋地质、地球物理系；
理学院
数学系、信息与计算科学系、物理系；
商学院
管理学与人力资源系、市场营销系、财务金融系、会计学系、管理科学与信息管理系、工程经济与工程管理系、经济学与国际贸易系；
公共管理学院
行政管理系、社会保障系、新闻传播学系、社会学系、土地资源管理系；
法学院
法学系；
马克思主义学院
政治教育系、哲学系；
外国语学院
英语系、法语系；
体育系
体育教育第一教研室、体育教育第二教研室、体育教育第三教研室、群体竞赛教研室、军事理论教研室；
河海大学重点学科：水利工程、环境科学与工程2个学科入围一流学科建设名单。在全国第四轮学科评估中，水利工程学科以优异成绩获评A+；土木工程、环境科学与工程2个学科位列A-。拥有1个一级学科国家重点学科，7个二级学科国家重点学科，2个二级学科国家重点学科培育点，16个一级学科省级重点学科；16个博士后流动站。
水文水资源学院：2017年，获批国家“双一流”建设学科。
水利水电学院：水力学及河流动力学、水工结构工程和水利水电工程为国家重点学科；水利工程学科是国家首批211工程重点建设学科、国家一级重点学科、国家优势学科创新平台建设学科，2017年水利工程学科入选国家“双一流”建设学科。
港口海岸与近海工程学院：港口、海岸及近海工程学科为国家重点建设学科，2017年入围一流学科建设名单。；港口航道与海岸工程本科专业为国家特色专业建设点。
环境学院：学院环境科学与工程学科是首批国家“双一流”建设学科；环境工程为国家重点（培育）学科和江苏省重点学科。2019年，学院环境工程和给排水科学与工程两个本科专业入选首批“双一流专业”计划国家级一流本科专业点。2020年，环境科学专业入选国家一流本科专业建设点。2022年，环境科学与工程学科再次入选国家“双一流”建设学科。
力学与材料学院：工程力学国家重点学科；工程力学专业和材料科学与工程专业入选国家级一流本科专业建设点。
农业科学与工程学院：农业水利工程专业为A+6星级专业，是国家级特色专业，入选第一批国家级一流本科专业建设点，并已通过国际工程教育专业认证。